A Santibáñez de Ecla le viene su nombre de la aglutinación del latino “Sancti” más “Ioannis” San Juan, y lo de “Ecla” del también latino “decullatum” o degollado, decapitado en alusión a san Juan Bautista el degollado. Y villaescusa proviene de “villa” granja, quinta y “absconsa” o escondida, por tanto el lugar de la quinta escondida del degollado.
Santibáñez de Ecla tiene dedicada su iglesia a San Juan Bautista, fechada en 1314, una nave, bóveda de crucería en el Presbiterio, retablo salomónico con buenas esculturas de San Roque y Santiago Peregrino y destacada escultura a San Sebastián del siglo XVI en la sacristía.

En su término es obligado visitar el Real Monasterio de San Andrés de Arroyo, gran escultura de San Andrés en su sala capitular, gran centro artístico y de las más bellas del arte románico borgoñón del siglo XIII, rollo jurisdiccional del siglo XV, monasterio fundado en 1181 por el monarca Alfonso VIII y su esposa doña Leonor. Se acogió a regla de San Bernardo dependiendo por mucho tiempo de las Huelgas de Burgos. Gozó de escritorium y botica, de ahí su Beato de San Andrés, hoy en la biblioteca Nacional de París. Gran sala capitular e impresionante claustro con arcada de columnas, sobre todo las angulares, curiosa fuente románica y fuente morisca llevada de las Clarisas de Astudillo. Monumento histórico artístico desde junio de 1931 y el rollo de justicia desde febrero de 1960.

Santibáñez de Ecla disponía a mediados del siglo XIX de 161 habitantes y Villaescusa de Ecla de 88; en 1900, ya unidas las dos localidades, de 293, en 1930 de 297 en 1960 de 266 y en 2005 tan sólo de 91.