Santibáñez de Ecla se localiza en un valle perpendicular al curso del arroyo de San Andrés, afluente del río Burejo, en la comarca de la Ojeda, a pocos kilómetros de Alar del Rey. Se accede a Santibáñez desde este núcleo tomando la P-223 que a la altura del kilómetro 5 se desvía hacia el norte para entrar en Santibáñez. El pequeño núcleo está rodeado de extensiones de cultivos de cereal en primer término y después de monte (las Lomas, el Encinar, El Campillo…)